Türk kamu yönetiminde İç Kontrol Sistemi; Avrupa Birliği uyum çalışmaları kapsamında 10.12.2003 tarihinde kabul edilerek yasalaşan 5018 sayılı Kamu Mali Yönetimi ve Kontrol Kanununun İç Kontrol Sistemi başlıklı beşinci kısmında düzenlenmiştir. Anılan kısmın, 55-67 nci maddelerinde “İç Kontrolün Tanımı, İç Kontrolün Amacı, Kontrolün Yapısı ve İşleyişi, Harcama Öncesi Kontrol, Mali Hizmetler Birimi, Muhasebe Hizmetleri, muhasebe Yetkilisinin Nitelikleri ve Atanması, İç Denetim, İç Denetçinin Nitelikleri ve Atanması, İç Denetim Koordinasyon Kurulu ve İç Denetim Koordinasyon Kurulunun Görevleri” başlıkları altında iç kontrol sistemine ilişkin hükümler yer almaktadır.
Enstitümüz bünyesinde 2014 yılında başlatılan iç kontrol sisteminin oluşturulması çalışmalarıyla birlikte, Türkiye’de kamu mali yönetimi ve kontrol sistemini yeniden düzenleyen 5018 sayılı Kamu Mali Yönetimi ve Kontrol Kanunu ve buna ilişkin ikincil mevzuat ile COSO Modelini esas alan bir İç Kontrol Sisteminin kurulması hedeflenmiştir. Bu anlamda Enstitümüzde yürütülen tüm yönetsel süreçlerin doğru, hızlı, etkili bir verimlilik anlayışı ile yürütülmesi amaçlanmıştır. Bu amaçlar doğrultusunda bir kalite anlayışının yerleştirilmesi, geliştirilmesi, özellikle hizmet verilen kitleye etkin ve hatasız hizmet sunulmasını sağlamak için süreçleri tanımlayarak, sağlıklı bir İç Kontrol Sistemi oluşturmak, performans esaslı bütçeleme çalışmalarında doğru performans göstergeleri ile kurum performansının ölçülmesini sağlamak ve kurumun diğer süreçlerine de yaygınlaştırılmak üzere İç Kontrol Sistemi konusunda bir model oluşturmak hedeflenmiştir.
5018 sayılı Kamu Mali Yönetimi ve Kontrol Kanunu’nun öngördüğü, Stratejik Planlama ve Performans Esaslı Bütçeleme çalışmaları kapsamında öngörülen hedefler, proje ve faaliyetler, performans programı, faaliyet raporları ve performans göstergeleri çalışmaları, ancak sağlıklı kurumsal sağlıklı verilerle amacına ulaşabilecektir. Bu nedenle İç Kontrol Sistemi çalışmaları ile öncelikle temel süreçlerin gerçekte nasıl çalıştığı açıklanmakta, sürecin çıktılarını gösteren performansın sürekli ve düzenli olarak izlenmesi ve kontrol edilebilmesi için kontrol noktaları belirlenmekte, böylece riskli ve iyileştirilebilecek alanlar daha kolay değerlendirilebilmektedir.
Bu bağlamda Maliye Bakanlığınca yayımlanan Kamu İç Kontrol Standartları Tebliği’nde öngörülen; idarelerin iç kontrol sistemlerinin oluşturulmasında, izlenmesinde ve değerlendirilmesinde dikkate almaları gereken temel yöntemler ve kurallar çerçevesinde Enstitümüz bünyesinde başlatılan İç Kontrol Sisteminin oluşturulması çalışmaları sonucu Cumhuriyet Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Organizasyon El Kitabı oluşturulmuştur. Bu Organizasyon El Kitabının Üniversitemizin diğer birimlerinde İç Kontrol Sisteminin kurulması konusunda model oluşturacağı düşünülmektedir.